A Microsoft publicou detalhes sobre como migrar aplicativos UWP para Windows App SDK
A Microsoft publicou detalhes sobre como os desenvolvedores podem migrar aplicativos UWP existentes para o Windows App SDK (Project Reunion), que mantém a plataforma Win32 clássica no centro da esquina. Isso pode ser útil se seu aplicativo requer recursos e APIs que não estão disponíveis na plataforma UWP, mas estão disponíveis no SDK do Windows App.

De acordo com a Microsoft, ele ainda oferece suporte a aplicativos UWP, para que os desenvolvedores possam decidir qual plataforma usar para um novo projeto. Portanto, se você estiver satisfeito com a funcionalidade atual do UWP, não há necessidade de alternar para um tipo de projeto diferente. Além disso, o Windows continuará a usar UWP para aplicativos integrados.
Se você é um desenvolvedor de aplicativos UWP e deseja usar os desenvolvimentos mais recentes em WinUI 3 e .NET 5/6 (e versões mais recentes), você precisa portar seu projeto para o Windows App SDK. No futuro, a plataforma UWP receberá apenas correções de bugs e melhorias de segurança, e não terá acesso a novas APIs.
Na verdade, isso indica que a plataforma UWP agora está obsoleta, semelhante ao que aconteceu com WinForms no .NET Framework.
Você pode aprender mais sobre como converter seus aplicativos UWP em Windows App SDK no website oficial. Há também um FAQ postado no GitHub.